杖立温泉の歴史は古く，応神天皇(伝200-310)の産湯として使われたのが起源と伝えられる。高い効能により，杖をついてやってきた人でも杖なしで帰って行けるまで回復すると言われ，これが温泉名の由来となった。江戸時代は熊本藩の御前湯が置かれ，現在は共同浴場御前湯となっている。
現在では全国的に見られる，河川敷など広い場所に多くの鯉のぼりを流すイベントの発祥地がここで，昭和55年頃に「こいのぼり祭り」として開始され，近年では3000匹〜3500匹が杖立川の上に掲げられるようになり，全国から観光客が訪れている。