普賢岳(手前)と平成新山

古くは「高来峰」と呼ばれ，「肥前国風土記」にはこの名で記述がある。701(大宝元)年，行基により山中に大乗院満明寺が開かれたと伝えられる。この満明寺の山号が「温泉(うんぜん)山」。また，これと併せて四面宮(温泉神社)も開かれたといわれる。四面宮はその後幾度か改称されたのち，現在も島原半島中に十数の分社を持つ温泉神社として信仰をあつめている。
温泉地としての開発は，1653(承応二)年に加藤善右衛門が開湯した延暦湯が始まりとされる。1695(元禄八)年には最初の宿泊施設が建てられ，これが現在の「湯元ホテル」の前身。
幕末には吉田松陰も訪れている。また，シーボルトらにより海外へも紹介され，島原キリシタン弾圧の悲史ともども，世界的に名の知られる温泉保養地となった。
開山以来用いられてきた「温泉＝うんぜん」の表記は，1934(昭和9)年の国立公園指定の際に現在の字に改められた。1956(昭和31)年以降，かつて「迷惑」をかけた天草地域を含め「雲仙天草国立公園」となり，現在に至る。

観光開発が進み，登山の対象というより行楽地として名の知られた雲仙は，標高約1100mの仁田峠まで車道が延び，そこから妙見岳山頂までロープウェイを伝い，誰でも頂上に立つことができる。しかし，妙見岳から国見峠，普賢岳へと続く道は一部に鎖やロープのかけられた急峻な登山道であり，ロープウェイ乗り場や遊歩道沿いには，観光客が安易に登山道に入らないよう警告の看板が立てられている。